内分泌异常
男性正常生精功能依靠于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常，其中任何一个环障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致少精子症。
精索静脉曲张
精索静脉曲张时，使睾丸的局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响睾丸生精功能，但精索静脉曲张程度与精子质量不成比例。
染色体异常
染色体畸变对精子密度、活动率及形态均有严重影响。

隐睾
隐睾是影响精液质量的重要原因之一。广州代妈提醒单侧隐睾约60%病人不育，因此若精子密度低，又有隐睾存在，必须及早治疗。
药物或保健品
抗癌、激素类、抗生素等药物不恰当的滥用，会损害男性性腺功能，造成精子数量和质量下降；同时，社会上性保健品泛滥，有些含有性激素或类似成分，可能会影响睾丸的正常生精功能。

泌尿系统感染
附属生殖腺的慢性感染，可以影响精液中的各种化验指标。